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非洲猪瘟(African Swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African Swine fevervirus,ASFV)感i染家猪和各种野猪(非洲野猪、欧洲野猪等)引起一种急性、出i血性、烈性传i染病。世界动物卫生组织(OIE)将其列为法定报告动物疫病,该病也是我国防范的一类动物疫情。其特征是发病过程短,Zui急性和急性i感i染死i亡率高达,临床表现为发热(达40~42℃),心跳加快,呼吸困难,部分咳嗽,眼、鼻有浆液性或粘液性脓性分泌物,皮肤发绀,淋巴i结、肾、胃肠粘膜明显出血,非洲猪瘟临床症状与猪瘟症状相似,只能依靠实验室监测确诊。
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非洲猪瘟是一种传i染性强,危害严重的猪感i染病毒性疾病。非洲猪瘟病毒(ASFV)通过直接或间接接触传播,在猪群众传播速度极快。该病毒在未经烹饪的生猪相关制品中存活时间很长,这一特点使得非洲猪瘟容易向未感i染区域传播。由于非洲猪瘟可以感i染野猪,而软蜱通过叮咬野猪成为非洲猪瘟主要传播途径之一,这也给非洲猪瘟的净化带来难度。非洲猪瘟的感i染致死率极高,接近,并且目前没有有效的疫i苗和治i疗手段。PCR技术在传i染病诊断上具有广泛的应用,该技术灵敏度高,特异性强,能够在猪、猪产品及环境中病毒的“踪迹”进行有效的监控,是农业农村部指i定的非洲猪瘟首i选诊断技术。
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PCR反应过程中产生的DNA拷贝数是呈指数方式增加的,随着反应循环数的增加,Zui终PCR反应不再以指数方式生成模板,从而进入平台期。在传统的PCR中,常用凝胶电泳分离并用荧光染色来检测PCR反应的Zui终扩增产物,用此终点法对PCR产物定量存在不可靠之处。在real-timeQ-PCR中,对整个PCR反应扩增过程进行了实时的监测和连续地分析扩增相关的荧光信号,随着反应时间的进行,监测到的荧光信号的变化可以绘制成一条曲线。
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在PCR反应早期,产生荧光的水平不能与背景明显地区别,而后荧光的产生进入指数期、线性期和Zui终的平台期,可以在PCR反应处于指数期的某一点上来检测PCR产物的量,并且由此来推断模板Zuii初的含量。为了便于对所检测样本进行比较,在real-timeQ-PCR反应的指数期,需设定一定荧光信号的域值,一般这个域值(threshold)是以PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号(baseline),荧光域值的缺省设置是3~15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。
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如果检测到荧光信号超过域值被认为是真正的信号,它可用于定义样本的域值循环数(Ct)。Ct值的含义是:每个反应管内的荧光信号达到设定的域值时所经历的循环数。研究表明,每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系,起始拷贝数越多,Ct值越小。利用已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,只要获得未知样品的Ct值,即可从标准曲线上计算出该样品的起始拷贝数。
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扩增序列特异性检测方法是在PCR反应中利用标记荧光染料的基因特异寡核苷酸探针来检测产物,它又可分为直接法和间接法。间接的方法就是利用水解探针的策略。目前在real-timeQ-PCR中Zui广泛使用的TaqMan系统就是运用了这个原理。PCR扩增时在加入一对引物的加入一个特异性的荧光探针,该探针为一寡核苷酸,两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团,非洲猪瘟病毒检测经销,此时5′端荧光基团吸收能量后将能量转移给临近的3′端荧光淬灭基团(发生荧光共振能量转移,FRET),探针完整时,检测不到该探针5′端荧光基团发出的荧光。
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