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南沙保税仓进出区流程
进口入区：
货物到港后，凭正本提货单，白卡（海关监管车辆用于向海关登记运载货物流向的登记手册）及相关报关资料到保税区海关申报进境备案。（注：申报时经营单位必须是注册在保税区内的企业，如货主非保税区注册企业，必须由保税区企业代理）。
保税区海关放行后，凭盖有海关放行章的正本提货单到口岸（海运）或保税区（空运）的检验检疫机关办理申报，放行后即可到口岸办理提货手续，保税区海关会在白卡上予以签注。
车辆到港口提取保税进口货物，必须在离开港口海关监管区域前到口岸海关指定地点办理海关加封手续，承运车辆必须是海关许可的可以承运保税货物的车辆。
承运车辆到达保税区卡口，先办理验封、验货核销白卡后，方可将货物运至保税仓库，保税仓库凭加盖保税区海关验讫章的放行单卸货进仓，并在保税区海关系统中输入货物进仓信息，等收到海关确认信息后即可进仓。
进口出区：
保税货物如在国内销售，凭保税仓库签发的提货单及区外经营单位的报关资料办理进口清关。保税区海关根据贸易方式的不同，按免税、征税的不同方式办理清关。保税区海关放行后，保税仓库在收到海关确认信息后打印出区凭单，作为货物出区凭证。
货物出区时，在保税区卡口办理验货手续后即可出区。
出区离境：
货物出口时，凭保税仓库签发的提货单、配舱回单、白卡和相关资料到保税区海关办理出口报关手续（注：整箱需提供箱号），保税区海关受理后会制作关封，并将相关信息输入保税区系统。
保税仓库在收到海关出区确认信息后，即可打印保税货物出区凭单；货物出保税区卡口时，凭出区凭单办理加封手续，并仍需海关许可的车辆进行运输。
货物运抵口岸，口岸海关凭保税区海关关封办理验放手续，并在配舱回单上加盖放行章，之后就可以办理货物装运出口事宜。
保税区查验流程办理时限：
不需查验和无税费的报送单，1个工作日内便可办结放行手续。
需查验的报关单，自现场接单起半个工作日内开具查验通知单；已在海关指定查验场地的货物，当天安排查验；查验完毕单货相符的，除需缴纳税费外，半个工作日内办结海关放行手续。
单证相符、单货相符的报关单，自现场接单起半个工作日内签发税费单证。
办结税费核销手续后，1个工作日内办结放行手续。
当天船期、当天中午前现场接单的出口报关单，当天办结放行手续。