在饮料、果汁等生产过程中，臭氧水可用于管路、生产设备及盛装容器的浸泡和冲洗，从而达到消毒灭菌的目的。采用这种浸泡、冲洗的操用方法，一是管路、设备及盛装容器表面上的细菌、病毒大量被冲淋掉；二是残留在表面上的未被冲走的细菌、病毒被臭氧杀死，非常简单省事，在生产中不会产生死角，还完全避免了生产中使用化学消毒剂带来的化学毒害物质排放及残留等问题。利用臭氧水对生产设备等的消毒灭菌技术结合膜分离工艺、无菌灌装系统等，在酿造工业中用于酱油、醋及酒类的生产，可提高产品的质量和档次。
现在用臭氧消毒技术来代替常用的老式消毒方式，如高温消毒，紫外线消毒等，相对来说要省事的多。具体方法是：将高浓度的臭氧直接打入管道容器，保持臭氧尾气有一定的浓度，就可以达到消毒灭菌的要求。因为是对管道容器进行内表层的消毒，臭氧浓度用的高一点，我们的设计浓度大于50ppm。
用臭氧对管道容器做消毒灭菌的优点非常明显，臭氧发生器可以移动使用，对不同的罐进行消毒，每个生产单元在每次换料前，都可以及时得到消毒，使用效率很高，很方便，不要用那么多的酒精，不要用氮气，也不要用高压蒸气。
臭氧发生器用于食品行业的加工车间和类似场所的空气灭菌和物体表面灭菌。臭氧消毒机按安装形式可分为：移动式、壁挂式、手提式、箱式等。臭氧消毒机在制药厂GMP车间和HVAC系统配套使用时，通常分为内置式和外置式两种。使用臭氧发生器制取臭氧的机器称为臭氧消毒机，这里臭氧作为消毒剂使用。那么在使用臭氧消毒机时应该注意什么呢？
1、对人员的影响
理论研究把人员接触臭氧的浓度和时间关系划成几个区，无症状刺激区、有症状区、暂时性损害区等。无症状区的研究比效成熟，有症状区和暂时性损害区研究较少，损害区仅为理论推导。无症状区是人员离开臭氧存在的地方，回到自然环境下，所产生的反应会很快消失而没有损害。无症状区可归纳如下:
a、嗅觉灵敏的人在0.01ppm即可察觉，一般的人在0.02ppm可嗅到，嗅觉迟 钝的人在0.1ppm，时也会明显感觉到。这种浓度对人员完全无害，且使人有所新鲜感。一般森林地区即可达0.1ppm，海边达0.05ppm。某些城市在夏天阳光充足时，浓度可达0.03-0.1ppm。我国卫生部1979年制定的《工业卫生标准》中规定，臭氧的安全标准为0.15ppm。美国标准规定，人员可在0.1ppm浓度下，工作8小时。国际臭氧协会标准规定。应用臭氧的专业室内，在0.1ppm浓度下，允许工作10小时。
b、引起人员一定反应的浓度为0.5-1ppm，允许接触时间在1.5小时以内。时间长了会感到口干等不适。
c、浓度在1-4ppm会引起人员咳嗽，允许接触时间为1小时。
d、浓度在4-10ppm会引起强烈咳嗽，允许接触时间为20分钟。
另有一些资料指导，臭氧浓度在0.098-0.98ppm的环境下，人接触1小时，会出现心闷、心痛、肺活量减少等症状。在5.13-9.70ppm下，人体会出现全身疼痛、麻痹，并导致肺水肿。
在冷库中应用臭氧，应与人员隔绝。要安排好臭氧和生发器的开机时间与人员入库操作时间。不使人员在较高的浓度下，较长时间的接触臭氧。
2、对所贮食品的影响
前已述及，臭氧的半衰期为25-30分钟，且Zui终的分解物是氧气，臭氧对食品不会有残留污染。所使用的浓度很低，仅作用於食品表面，不足以影响食品的内在品质。我国食品营养分析部门，近年对经臭氧防霉贮藏的鸡蛋、苹果、柿子椒的营养成分进行分析，与对照组比较，没有明显差别。
臭氧是强氧化剂，不要用於多脂肪食品的贮藏（例猪肉、鱼、禽等）以免脂肪氧化，造成食品变味。臭氧也不宜用於菠菜，芹菜等叶绿素多的蔬菜，因为臭氧会使叶绿素氧化，使蔬菜脱色。
3、对材料的影响
臭氧是一强氧化剂，但在冷库中所使用的浓度很低，实践证明，应用臭氧消毒防霉多年的冷库，没有发现设备、装置受损明显的情况
4.保证食品臭氧消毒机气体的干燥
由于O2的电离是用高压放电，必须保证气体的干燥，否则会烧毁放电管。每次停机时间超过一周，重新开机必须先吹扫系统1~2小时，不可以使水回流到发生器、干燥机，亦不可使湿空气进入发生器。
5、保证水冷型食品消毒机冷却水的正常供应
冷却水对于臭氧发生器的正常运行十分重要，适宜的冷却水不仅影响O3的产量，是发生器正常运行的必备条件。
