在水处理实践中藻类问题普遍存在，藻类含量高会影响混凝和沉淀，增加混凝剂量；堵塞滤池，缩短滤池过滤周期；致臭并产生藻毒素，和氯作用形成氯化消毒副产物，降低饮用水安全性。在水处理中使用臭氧机就可以解决这些问题。
臭氧机处理作用之一是溶裂藻细胞，二是杀藻，使死亡的藻类易于被后续工艺去除。臭氧机可作为除藻的一种预处理方法，它和常规处理及其它技术配合使用是处理富营养化水源水藻类问题的有效途径之一。藻毒素正成为藻类污染问题的另一重点，在一定条件下臭氧机可有效去除某些藻毒素，具体去除率主要取决于臭氧机投加量，取决于原水水质(藻毒素类型、有机物性质及浓度、碱度等)。
在使用臭氧机测试结果表明，利用臭氧机处理30分钟含40－50万个/ml单胞藻及原生动物的海水以后，再用显微镜观察发现其所有的原生动植物呈爆炸性死亡，把经过水处理臭氧机处理的海水继续培养两个星期以后检验测试仍未发现任何生物，且水质清澈透明，取赤潮海水进行30分钟臭氧处理后红色赤潮海水被氧化变为白色透明，水中夜光虫全部被杀死且呈粉碎状。
