中欧班列出口报关运输操作流程主要包括以下环节：
托运受理
托运人向车站提出货物运输申请，填写货物运单和运单副本。车站接到货物运单后，会审核整车货物的申请是否有批准的月度、旬度货物运输计划和日要车计划，并检查货物运单上各项内容的填写是否正确，包括托运的货物能否用集装箱运输、所到站能否受理该吨位、种类、规格的集装箱、应注明的事项是否准确完整、有关货物重量、件数、尺码等是否按规定填写。如确认可以承运，会在运单上登记货物应进入车站的日期或装车日期，即表示受理托运.
集装箱货物集配计划
受理车站的集配货运员根据掌握的全部受理运单的到站去向和数量、本站可用空箱和待交箱数量、待装车、待装箱和残存箱的方向和数量以及站外集散站的集装箱等资料，作出集配计划。集配计划完成后，及时通知托运人和承运货运员，以便托运人安排车辆组织进货、货运员做好承运准备工作.
货物装箱
整箱货装箱：整箱货的装箱可在站内完成，也可在站外完成。若在站内装箱，托运人按车站指定的送货日期将货物运至车站，外勤货运员指定拨配空箱，由托运人自己组织装箱，装箱完毕后施封。若在站外装箱，一般先由托运人根据车站指定的取箱日期将空箱运到本单位组织装箱，并在施封后将重箱送到车站。托运人接到外勤货运员拨配的空箱后，需检查集装箱是否有破损、装置是否完好，且施封必须由托运人自己进行.
拼箱货装箱：拼箱货是将若干个不同发货人的货物托运到同一铁路到站的零担货物装箱运输，目前有铁路拼箱和集散站拼箱两种作业形式。铁路拼箱货物按零担货物收取运费，但须另收拼箱费用，货物的装、拆箱以及货物受理和交付均由铁路负责，货物运单、领货凭证和货票等运输单证上要加盖“铁路拼箱” 戳记，同一箱内货物的所有票据应封入 “铁路集装箱拼箱货运票据封套”中；集散站拼箱则是集散站使用铁路集装箱或部分自备集装箱，由集散站面对货主办理承运和交付，将同一到站不同收货人的货物共装于一集装箱内，向铁路部门按整箱办理运输.
承运
托运人在指定日期将集装箱货物送至车站指定的地点，发送货运员在接受集装箱货物时必须对由发货人装载的集装箱货物逐箱进行检查，符合运输要求的才能接受承运。接受集装箱货物后，车站在货物运单上加盖站名、承运日期戳记，即为承运，并向托运人核收运费.
报关报检
准备单证：出口方应在报关之日前备齐所需单证，向检验检疫局和海关申报，一般需提供清单、发票、合同、报关委托书、厂检单、纸箱包装单等证件各一份，以及按海关税则所规定的各项证件，如通关单、出口许可证等。若出口货物到美国、澳大利亚、加拿大、欧盟等外包装为木质的需做熏蒸或热处理的，还需提供相应单证.
正式申报：出口货物的发货人可以自行或委托报关公司向海关办理申报手续，填写出口货物报关单，并提交相关单证。海关会对申报内容进行审核，如有需要，可能会要求补充或修改单证.
海关查验与征税
海关在接受报关单位的申报并审核后，可能会对出口货物进行实际的核查，以确定其报关单证申报的内容是否与实际进出口的货物相符。如发现问题，会要求报关单位进行解释或补充单证。对于需要缴纳税费的出口货物，发货人应及时缴纳税费.
装车运输
集装箱不得与笨重货物、散堆货物装入一辆货车内，不同规格的集装箱在使用不同类型的车辆装运时，有相应的装载要求和注意事项，如 1t箱主要使用篷车装运，可以和普通零担货物混装，但不得与其他货物混装等。装车货运员在接到集配计划后到站确定装车顺序，并在装车前对车体、车门、车窗进行检查，装车时做好监装，检查待装的箱子和货运票据是否相符、齐全、准确，并对箱体、铅封状态进行检查，装车后检查集装箱的装载情况，是否满足安全运输的要求，如使用篷车装载时还要加封，并填写货车装载清单、货运票据.
国境站交接
国境站除办理一般车站的事务外，还办理国际铁路联运货物、车辆与邻国铁路的交接，货物的换装或更换轮对，票据文件的翻译及货物运输费用的计算与复核等工作。国境站接到国内前方站的列车到达预报后，立即通知国际联运交接所，做好交接的准备工作。列车进站后由铁路会同海关接车，海关负责对列车监管和检查，未经海关许可，列车不准移动、解体或调离，车上人员亦不得离开，铁路负责将随车代交的票据送至交接所，交接所内各单位各司其职，协同完成货物的出境手续，相邻两国国境站办理货物、车辆、单证的交接手续并签署交接证件.
到达交付
集装箱货物运抵到站后，到站应不迟于集装箱卸车后的次日用电话等方式向收货人发出催领通知。收货人在到站领取货物时，须出示本人的身份证明和领货凭证，到站核对无误后向收货人交付货物.
