可实现多种观测方法，是实验教学、科学研究及医学检验的理想工具，广泛应用于检验、病理诊断、免疫荧光、细胞观察等领域。
荧光显微镜广泛用于生物、、矿物、材料科学等领域。
1、在生物学领域，荧光显微镜借助荧光染料标记，可准确而详细地识别细胞和亚微观细胞成分和活动。
2、在领域，荧光显微镜可借助荧光试剂，来检测细菌、病毒的存在和分布，或对外科目标进行辅助标记方便手术进行。
3、在矿物学领域，荧光显微镜常用于研究有自发荧光特性的物质，如沥青、石油、煤炭、氧化石墨烯等矿物。
4、在材料科学，荧光显微镜可用于纺织工业或造纸业来分析基于纤维的材料，包括纺织品和纸张。
5、在半导体领域，荧光显微镜也可用来观测具有荧光特性的材料如磁珠等。
相差和荧光观察效果卓越
随着科研方向的多元化和交叉学科研究的不断深入，单一的观察方式已经不能满足日常的科研需求。明慧的倒置荧光显微镜NIB600在相衬和荧光观察中均表现。NIB600采用10X、20X和40X相衬通用滑板，在转换物镜时不必转换相衬滑板，观察更方便。标配三色LED荧光，采用荧光模块联动装置，染料应用性更广，操作更方便。新研发的浮雕3D反差滑块，能使相差和荧光切换更方便，同一套物镜就能实现相衬和荧光两种观察方式，并且相衬效果更佳。
荧光显微镜的应用和成像，不仅要考虑成像的质量，包括分辨率、对比度、荧光信号强弱、背景光、多通道成像等，还要考虑荧光染料、光照等对样本的影响，比如荧光染料毒性、光毒性、光漂白等。
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荧光显微镜四应用于细胞结构荧光的透过率更高