首先，灵活就业的大学生群体缺乏组织归属感和安全感，大学生灵活就业的制度建设和政策支持还有待完善。没有专门管理部门。灵活就业中存在法律法规盲点、户籍限制、社会保障和福利待遇等还有待完善。
其次，职业稳定性问题。据冯喜良教授团队的研究，大学生希望得到更多的关于灵活就业方面的相关理论知识和必要的职业规划与指导。有些选择灵活就业的大学生是因为没有合适的就业机会、或者实现自身职业发展的内驱力不足，就业信心不足。高校还没有开设专门针对灵活就业的课程教学，也缺乏对这一群体有针对性的田野调查。如果毕业生没有基于清晰的生涯规划做出灵活就业选择，没有充分论证个性特质，以及对灵活就业选择的风险评估，将影响其职业稳定性。
此外，灵活就业的职业技能准备不足。灵活就业本质上是中国产业升级、社会转型带来的劳动力就业市场的转型。传统就业市场的劳动者技能单一，只能从事一种职业。随着互联网、数字化时代的到来，社会生产方式、生活方式都产生革命性变革，需要复合型、技能型人才，灵活就业是市场选择的结果。对于就业市场的变化和职场的竞争，灵活就业的大学生缺乏职业技能的准备，也将难以适应。