在公司注销清算时，应设置两个基本账户：“清算费用”和“清算损益”，分别核算如下：
1、公司注销清算费用：用于专门核算企业清算期间的各种费用的成本。它的内容包括：清算机构成员的工资报酬、公告费用、咨询费跟办公费用、诉讼费用和清算过程中必须支付的其他清算费用；这些费用优先于现有财产。”“结算费用”账户借方需要登记结算期间的各种结算费用；结算结束时，其全部发生额需要从账户贷方转入结算损益借方，账户余额为零。公司注销清算损益：属于损益类账户，专门核算企业在清算期间取得的各项收入和损失。
公司注销”“清算收益”账户的贷方反映企业的清算收益，其内容包括：清算过程中发生的财产盘盈、财产变现收益、财产重估收益、以及无法偿还的债务等；借方反映企业的清算损失，其内容包括：清算过程中发生的财产盘亏，其中包括财产损失、清算损失和不可收回的债权等；期末余额不仅可以在贷方，也可以在借方，然后转至未分配利润账户。结清后账户内没有余额。目前工商注册制度改革后，注册公司、变更等工商登记手续都简化了不少，在为广大群众简化手续的同时，工商部门的工作也减轻了不少负担