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当然，选择色谱柱并不是只有内径这一种因素，色谱柱的长度和它们能够承受的压力也可能不同。从长度开始，这可以产生与直径类似的效果。较短的色谱柱可缩短分析时间从而降低灵敏度。而较长的色谱柱会增加分析时间并改善结果。基于以上所述，很显然长而窄的色谱柱会提供更加优越的结果，因为它会增加分析时间、提高灵敏度并且不需要更大的样品。推动流动相通过色谱柱需要更大的压力。色谱柱只能承受一定程度的压力，而泵需要能够提供足够的压力，在选择时也需要考虑这一点。在泵的出口和进样阀之间可以安装在线过滤器，是能够用来过滤流动相中的杂质和固体颗粒，保护液相系统的正常运行的一种过滤型色谱耗材。
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装柱子（添硅胶）时，有两种方法：即湿法装柱和干法装柱，二者各有优劣。不论干法还是湿法，兽药及违禁添加类标准品供应商，硅胶（固定相）的上表面一定要平整，并且硅胶（固定相）的高度一般为15cm左右，太短了可能分离效果不好，太长了也会由于扩散或拖尾导致分离效果不好。湿法装柱是先把硅胶用适当的溶剂拌匀后，再填入柱子中，再加压用淋洗剂“走柱子”，本法大的优点是一般柱子装的比较结实，没有气泡。干法装柱则是直接往柱子里填入硅胶，再轻轻敲打柱子两侧，至硅胶界面不再下降为止，再填入硅胶至合适高度，再用油泵直接抽，这样就会使得柱子装的很结实。接着是用淋洗剂“走柱子”，一般淋洗剂是采用TLC分析得到的展开剂的比例再稀释一倍后的溶剂。通常上面加压，下面再用油泵抽，这样可以加快速度。干法装柱较方便，但大的缺陷在于“走柱子”时，由于溶剂和硅胶之间的吸附放热（可以用手摸柱子明显感觉到），容易产生气泡，这一点在使用低沸点的淋洗剂时如，更为明显。产生的气泡在加压的情况下不易察觉，一旦撤去压力，如在上样、加溶剂等操作的时候，气泡就会释放出来，严重时，整个柱子变花，样品不可能平整地通过，当然也就谈不上分离了。解决的办法是：、硅胶一定要填结实；第二、一定要用较多的溶剂“走柱子”，一定要到柱子的下端不再发烫，恢复到室温后再撤去压力。也有介绍在硅胶的上层填上一小层石英砂，防止添加溶剂的时候，使得样品层不再整齐。如果小心上样，添加溶剂，则没有这个必要。
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4.定期使用润滑油
用吸水纸清洁控制进样针升降轴上的油污及垃圾，在升降轴上涂少量润滑油，涂完后用吸水纸吸去多余的润滑油。对几个样品进行测试，听升降轴工作时声音清脆，声音有规律为佳。
5.长时间不用机器清洗纯
长时间不使用机器时，可用纯代替清洁液，针筒抽吸约100mL，后purge和rinse几次。
注：若Rinse口螺帽、进样口衬套、进样口螺帽如有盐析或附着物，应先用纯水、或超洗10分钟。把脏东西洗干净，晾干装好。
6.计量泵密封垫圈的及时更换
及时更换计量泵密封垫圈：更换此位置密封垫圈时要注意，不同于泵，使用者必须先进入仪器的诊断维护界面，将计量泵内的柱塞杆收回，再拆卸计量泵，否则拆卸时柱塞杆处于压缩状态，安装起来会很麻烦。计量泵的使用频率很低，几乎可以忽略不计，密封垫圈也是有磨损的，使用三到五年后，仪器就会出现漏水的情况，这种情况很少发生。
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