微生物包括：细菌、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体以及病毒，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保、饲料、等人们能触及的各个角落中。某些微生物对产品的污染，不仅影响到产品本身的质量，更严重的是它危及消费者的健康和安全。
水质 | 菌落总数、大肠菌群、粪链球菌、铜绿假单胞菌、产气荚膜梭菌、溴酸盐、溴化物、霉菌和酵母、致病菌、军团菌等 |
| 药品、药品原料、辅料 | 微生物限度（大肠埃希菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、大肠菌群及梭菌）检查及方法验证、无菌检查及方法验证、细菌内毒素检查、培养基验证等 |
水产品、畜禽类产品、蛋类、动植物油脂等农产品 | 菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母菌、沙门氏菌、志贺氏菌、副溶血性弧菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、致泻大肠埃希氏菌、空肠弯曲菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、蜡样芽胞杆菌等 |
| 饲料、饲料原粮、添加剂、饲用酶制剂和宠物食品 | 有效活菌数：地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、乳酸乳杆菌等 |
| 抗菌性测试 | 塑料制品，陶瓷，其他抗菌材质 |
