食品微生物是与食品有关的微生物的总称。包括生产型食品微生物（醋酸杆菌，酵母菌等）和食物变质（霉菌，细菌等）和食源性病原微生物（大肠杆菌，肉毒杆菌等）。食源性病原微生物引起的食源性疾病是食品安全的核心问题。食源性病原微生物可通过接触物表面、水、土壤、空气、排泄物、食物等媒介传播，从而污染“从农田到餐桌”的食物链任何环节。由于其种类繁多、来源广泛、危害巨大，并具有群发、爆发、宿主范围广、传播速度快和社会影响强烈、控制难度大等特点，是引发食品安全危害的重要因素，严重时会危及人类健康甚至社会安定，造成巨大经济损失。
检测项目：
菌落总数、大肠菌群、霉菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、致病菌、志贺氏菌、空肠弯曲菌、商业无菌、乳酸菌等
检测标准：
GB 4789.40-2016食品安全标准 食品微生物学检验 阪崎肠杆菌检验
GB 4789.7-2013食品安全标准 食品微生物学检验 副溶血性弧菌检
GB 4789.13-2012食品安全标准 食品微生物学检验 产气荚膜梭菌检验
GB 4789.2-2016食品安全标准 食品微生物学检验 菌落总数测定
GB 4789.38-2012食品安全标准 食品微生物学检验 大肠埃希氏菌计数
GB 4789.35-2016食品安全标准 食品微生物学检验 沙门氏菌检验
GB 4789.3-2016食品安全标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数
GB 4789.35-2016食品安全标准 食品微生物学检验 乳酸菌检验
GB 4789.26-2013食品安全标准 食品微生物学检验 商业无菌检验
GB 4789.41-2016食品安全标准 食品微生物学检验 肠杆菌科检验
GB 4789.5-2012食品安全标准 食品微生物学检验 志贺氏菌检验
GB 4789.14-2014食品安全标准 食品微生物学检验 蜡样芽胞杆菌检验