环境污染治理设施运营资质证书办理程序：
1、申请资质证书的单位，向本单位所在地省级环境保护行政主管部门提出申请，填报资质证书申请表，并提交申报材料。
2、省级部门自受理申请材料之日起20个工作日内进行审查，提出预审意见，对符合条件的，报国家环境保护总局。
3、国家环境保护总局行政审批综合办公室受理经省级部门初审后的材料。
4、国家环保总局科技司组织专家对企业申报材料进行审查。
5、经过专家审查的企业在国家环保总局网站公示一周。
6、国家环保总局科技司将经公示后的材料提出意见后，报经主管局长审批后办理公文。
扩展资料：
环境污染治理设施运营资质证书办理所需材料：
1、环境污染治理设施运营资质申请表（一式三份，含电子版），以下材料均提供一份。
2、法人资格证明材料（复印件）。
3、上一年度财务状况报告或者其他资信证明。
4、技术人员资格证书、操作人员污染治理设施运营岗位培训证书和聘用合同（复印件）。
5、实验室场所证明（或运营单位与专门检测机构签订有技术合作协议承担运营单位的检测任务的，可视为具备实验室条件）。
6、预防和处理污染事故的方案。
7、规范化运营保证体系有关管理制度。
8、环境污染治理设施运营实例，包括运营项目简介、运营合同、用户意见、环境保护监测机构出具的设施运行排放情况监测报告。申请临时资质证书的除外。
9、申请增项和升级的单位，应提交上年度县级（或地、市）环保出具的守法证明。