食品微生物检验方法是食品质量管理必不可少的重要组成部分，它是贯彻“预防为主”的方针，可以有效地防止或者减少食物人畜共患病的发生，保障人民的身体健康。食品微生物检验是衡量食品卫生质量的重要指标之一，也是判定被检食品是否食用的科学依据之一。
(1)采集样品
采样前要了解所采样品的来源、加工、储藏、包装、运输等情况，采样时必须做到：使用的器械和容器需经灭菌，严格进行无菌操作;不得加防腐剂;液体样品应搅拌均匀后才去采样，固体样品应在不同部位采取以使样品具代表性;取样后及时送检。
(2)样品送检
采集好的样品应及时送到食品微生物检验室，一般不应超过3h，如果路程较远，可将不需冷冻的样品保持在1～5℃的环境中，勿使冻结，以免细菌遭受破坏。
(3)样品处理
样品处理应在无菌室内进行，若是冷冻样品必须事先在原容器中解冻，解冻温度为2～5℃不超过18h或45℃不超过15min。
(4)检验
每种指标都有一种或几种检验方法，可根据不同的食品、不同目的来选择恰当的检验方法。通常所用的常规检验方法为现行国家标准，或，如FAO标准、WHO标准等，或食品进口国的标准，如美国FDA标准、日本厚生省标准、欧共体标准等。
(5)结果报告
样品检验完毕后，检验人员应及时填写报告单，签名后送主管人核实签字，加盖单位印章，以示生效，并立即交给食品卫生监督人员处理。
