什么是微生物肥料呢？参考NY/T1113-2006《微生物肥料术语》微生物肥料的定义：含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。微生物肥料的种类有生物有机肥、复合微生物肥、农用微生物菌剂。
微生物肥料具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。
检测项目：
元素分析：氮、磷、钾、钙、铜、锌、铁、锰、氯、钠等
养分：有机质、氨态氮、硝态氮、全磷、全钾、全硫、全氮、总养分(氮+五氧化二磷+氧化钾)、氨基酸、腐殖酸、硫化物等
理化分析：水分、pH(酸碱度)、水不溶物、电导率、阳离子交换量、粒度、细度等
有机物：有机磷、有机氯、拟除虫菊酯、氨基甲酸酯、除草剂、杀菌剂等
微生物：菌落总数、各种有用活菌数、杂菌率、霉菌、粪大肠菌群、大肠菌群、蛔虫卵死亡率、芽孢杆菌数、蜡样芽孢杆菌、乳酸菌、酵母数、双歧杆菌、光合细菌、固氮菌等
重金属：铅、铬、镉、汞、砷等
酶类：纤维素酶、淀粉酶、蛋白酶等
其他：种子发芽率(GI)、纤维素、半纤维素、木质素等
活菌数是一个指标。市面上动不动有活菌数几亿甚至几十亿的生物有机肥，如何去检测，市场缺乏监管。对于生物有机肥而言，很难做到这么多。
第二，从菌的活性来判断。包装上标的菌数量是很多，不代表活性高。比较高活性的菌一般是原生一代菌，它在土壤中的存活、繁殖能力要强很多。
第三，从菌的种类来讲。很多生物有机肥是单一菌种，并不是复合菌种。单一菌种在土壤中的定向繁殖能力要比复合菌差。优选的复合菌可以做到互不拮抗、互惠共生，甚至对植物的真菌性病害和细菌性病害都有很好的预防效果。
生物有机肥的菌种是枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、淡紫拟青霉菌、胶质芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌等菌株中进行筛选的原生一代菌。第一，活性比较高；第二，它含有真菌和细菌，多菌合一，互不拮抗，互惠共生，对植物的真菌性病害和细菌性病害都有很好的预防效果。
正是由于添加了种类比较多的复合菌种，生物有机肥对于固氮，解磷解钾，抗重茬，预防根腐病、枯萎病、线虫等病虫害等的效果都非常明显。